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SUMMARY: NESTED | FIELD | CONSTR | METHOD | DETAIL: FIELD | CONSTR | METHOD |
java.lang.Object | +--java.lang.Thread | +--jm.sit.SITAnalysis
Klasse zur Berechnung der Signal-Intensitaets-Zeit-Kurven. Realisiert die Pixelklassifizierung fuer Neirenrinde und Nierenmark. Wird von der Klasse AnalysisDialog aufgerufen und benoetigt die Klasse SITResults zur Darstellung der berechneten Ergenisse in einm Dialogfenster
AnalysisDialog
,
SITResults
Field Summary | |
double[] |
acquisitionTimes
|
AnalysisDialog |
analysisDialog
|
boolean[] |
autoClassification
|
double[] |
classTresholdCortex
|
double[] |
classTresholdMedulla
|
double[] |
classTresholdPelvis
|
double |
devScaleFactor
|
boolean |
error
|
boolean |
finished
|
ij.ImagePlus |
ipLeftKidney
|
ij.ImagePlus |
ipRightKidney
|
ij.ImagePlus |
leftRefImage
|
boolean[] |
noRois
|
int[] |
pixelCountCortex
|
int[] |
pixelCountKidney
|
int[] |
pixelCountMedulla
|
ij.ImagePlus |
rightRefImage
|
SITResults |
sitResults
|
boolean |
stopRunning
|
int[] |
surfaceCortex
|
int[] |
surfaceKidney
|
int[] |
surfaceMedulla
|
Fields inherited from class java.lang.Thread |
MAX_PRIORITY, MIN_PRIORITY, NORM_PRIORITY |
Constructor Summary | |
SITAnalysis(AnalysisDialog dlg)
Der Konstruktor. |
Method Summary | |
void |
calcPixelCurve(int half,
int tissue)
Berechnet der SIT-Kurven fuer Nierenmark und Nierenrinden entsprechend der Klassifizierung der Pixel. |
void |
classifyPixels(int half,
double thresholdPelvis,
double thresholdMedulla,
double thresholdCortex)
Fuehrt die Klassifizeirung der Pixel durch. |
void |
initResultWindow(int half)
Initialisiert das Dialog-Fenster zur Anzeige der berechneten Kurven. |
void |
run()
Haupt-Berechnungsmethode der Klasse. |
void |
setAdjustmentRange(double min,
double max)
Setzt den Wertebereich, innerhalb dem die Schwellenwerte veraendert werden koennen. |
void |
setMinMaxAxisValues(int tissue)
Berechnet der minimalen und maximalen Intensitaetswerte der SIT-Kurven. |
void |
setStartImage(int n)
Hilfsmethode. |
void |
setVerbose(boolean v)
Hilfsmethode. |
Methods inherited from class java.lang.Thread |
activeCount, checkAccess, countStackFrames, currentThread, destroy, dumpStack, enumerate, getContextClassLoader, getName, getPriority, getThreadGroup, holdsLock, interrupt, interrupted, isAlive, isDaemon, isInterrupted, join, join, join, resume, setContextClassLoader, setDaemon, setName, setPriority, sleep, sleep, start, stop, stop, suspend, toString, yield |
Methods inherited from class java.lang.Object |
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait |
Field Detail |
public double devScaleFactor
public AnalysisDialog analysisDialog
public SITResults sitResults
public ij.ImagePlus rightRefImage
public ij.ImagePlus leftRefImage
public int[] pixelCountKidney
public int[] pixelCountMedulla
public int[] pixelCountCortex
public int[] surfaceKidney
public int[] surfaceMedulla
public int[] surfaceCortex
public double[] acquisitionTimes
public ij.ImagePlus ipLeftKidney
public ij.ImagePlus ipRightKidney
public boolean[] autoClassification
public boolean[] noRois
public boolean stopRunning
public boolean finished
public boolean error
public double[] classTresholdPelvis
public double[] classTresholdMedulla
public double[] classTresholdCortex
Constructor Detail |
public SITAnalysis(AnalysisDialog dlg)
dlg
- Die Referenz auf das Plugin-HauptfensterMethod Detail |
public void setStartImage(int n)
n
- die Bildnummer innerhalb der Sequenz.public void run()
run
in interface java.lang.Runnable
run
in class java.lang.Thread
public void setMinMaxAxisValues(int tissue)
tissue
- die Gewebeart (0=ganze Niere | 1=Medulla | 2=Cortex)public void initResultWindow(int half)
half
- die Bildhaelfte, entsprechend der Niere (0=links | 1=rechts)public void classifyPixels(int half, double thresholdPelvis, double thresholdMedulla, double thresholdCortex)
half
- die Bildhaelfte, entsprechend der Niere (0=links | 1=rechts)thresholdPelvis
- der Schwellenwert zur Einstellung der Gewebegrenze zwischen Nierenbecken und NierenmarkthresholdMedulla
- der Schwellenwert zur Einstellung der Gewebegrenze zwischen Nierenmark und NierenrindethresholdCortex
- der Schwellenwert zur Einstellung der Gewebegrenze zwischen Nierenrinde und dem die Niere imgebenden Gewebepublic void calcPixelCurve(int half, int tissue)
half
- die Bildhaelfte, entsprechend der Niere (0=links | 1=rechts)public void setAdjustmentRange(double min, double max)
min
- der minimal erlaubte Wertmax
- der maximal erlaubte Wertpublic void setVerbose(boolean v)
v
- true, wenn Text ausgegeben werden soll.
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