jm.cepstrum
Class CepstrumAnalysis

java.lang.Object
  |
  +--java.lang.Thread
        |
        +--jm.cepstrum.CepstrumAnalysis
All Implemented Interfaces:
java.lang.Runnable

public class CepstrumAnalysis
extends java.lang.Thread

Realisiert den Algothimus zur Kepstrum-Filterung der Nierensequenzen. Wird von der Klasse AnalysisDialog aufgerufen und benoetigt die Klasse Cepstrum zur Durchfuehrung der Berechnungen.

See Also:
AnalysisDialog, Cepstrum

Field Summary
 int[] cepstrumQuality
           
 boolean error
           
 boolean finished
           
 java.lang.String patientBirth
           
 java.lang.String patientName
           
 java.lang.String patientWeight
           
 java.lang.String seriesDate
           
 boolean stopRunning
           
 java.lang.String studyDate
           
 
Fields inherited from class java.lang.Thread
MAX_PRIORITY, MIN_PRIORITY, NORM_PRIORITY
 
Constructor Summary
CepstrumAnalysis(AnalysisDialog dlg, ij.gui.Roi rightRoi, ij.gui.Roi leftRoi)
          Der Konstruktor.
 
Method Summary
 ij.process.ByteProcessor filterSobel(ij.process.ByteProcessor ip)
          Fuehrt die Sobel-Filterung des eingegebenen Bildes durch.
 void newWindow(boolean w)
          Hilfsmethode.
 void run()
          Haupt-Berechnungsmethode der Klasse.
 void setAccuracy(double accuracy)
          Hilfsmethode.
 void setMinDiff(int s)
          Hilfsmethode.
 void setSecondChance(boolean sc)
          Hilfsmethode.
 void setVerbose(boolean v)
          Hilfsmethode.
 void setWriteLog(boolean log)
          Hilfsmethode.
 
Methods inherited from class java.lang.Thread
activeCount, checkAccess, countStackFrames, currentThread, destroy, dumpStack, enumerate, getContextClassLoader, getName, getPriority, getThreadGroup, holdsLock, interrupt, interrupted, isAlive, isDaemon, isInterrupted, join, join, join, resume, setContextClassLoader, setDaemon, setName, setPriority, sleep, sleep, start, stop, stop, suspend, toString, yield
 
Methods inherited from class java.lang.Object
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait
 

Field Detail

seriesDate

public java.lang.String seriesDate

studyDate

public java.lang.String studyDate

patientName

public java.lang.String patientName

patientBirth

public java.lang.String patientBirth

patientWeight

public java.lang.String patientWeight

stopRunning

public boolean stopRunning

finished

public boolean finished

error

public boolean error

cepstrumQuality

public int[] cepstrumQuality
Constructor Detail

CepstrumAnalysis

public CepstrumAnalysis(AnalysisDialog dlg,
                        ij.gui.Roi rightRoi,
                        ij.gui.Roi leftRoi)
Der Konstruktor. Er bekommt eine Referenz auf das Hauptfenster der renalen Funktionsanalyse uebergeben, um Zugriff auf dortige Funktionen und Variablen zu haben.

Parameters:
dlg - Die Referenz auf das Plugin-Hauptfenster
rightRoi - Die rechte Roi
leftRoi - Die linke Roi
Method Detail

setAccuracy

public void setAccuracy(double accuracy)
Hilfsmethode. Setzt die Genauigkeit der Kepstrum-Filterung.

Parameters:
accuracy - double Wert fuer die Genauigkeit. Zulaessiger Bereich: 1.0-4.0

setVerbose

public void setVerbose(boolean v)
Hilfsmethode. Legt fest, ob Zwischenergebnisse in textueller Form im ImageJ-Hauptfenster ausgegeben werden sollen.

Parameters:
v - true, wenn Text ausgegeben werden soll.

newWindow

public void newWindow(boolean w)
Hilfsmethode. Legt fest, ob die korrigierte Nierensequenz wieder in das alte Fenster zurueckgeschrieben werden soll (und damit die alte Sequenz verworfen wird) oder ob ein neues Fenster zur Anzeige verwendet werden soll.

Parameters:
w - true, wenn ein neues Fenster gewuenscht ist.

setSecondChance

public void setSecondChance(boolean sc)
Hilfsmethode. Legt fest, ob der Algorithmus zur Filterung der Sequenz fehlertolerant arbeiten soll.

Parameters:
sc - true = Fehlertoleranz einschalten

setWriteLog

public void setWriteLog(boolean log)
Hilfsmethode. Legt fest, ob Zwischenergebnisse textuell in eine Protokolldatei (LogFile) geschrieben werden sollen.

Parameters:
log - true, wenn Text in die Dateiausgegeben werden soll.

setMinDiff

public void setMinDiff(int s)
Hilfsmethode. Legt fest, nach wie vielen Iterationen des Algorithmus ohne Aenderung der maximalen Verschiebungsachse auf den minimalen Differenzfilter umgeschaltet werden soll.

Parameters:
s - gibt die Anzahl der Iterationen an. true, wenn Text ausgegeben werden soll.

run

public void run()
Haupt-Berechnungsmethode der Klasse. Wird aufgerufen, wenn der Thread gestartet wird. Implementiert die abstrakte run-Method der Klasse Thread

Specified by:
run in interface java.lang.Runnable
Overrides:
run in class java.lang.Thread

filterSobel

public ij.process.ByteProcessor filterSobel(ij.process.ByteProcessor ip)
Fuehrt die Sobel-Filterung des eingegebenen Bildes durch.

Returns:
ByteProcessor das Sobel-Bild.